本研究では、次の４つの中課題（系）を設定して、研究を実施していきます。

１系　生態系遷移を引き起こす海洋物理環境変動とその要因の解明
２系　環境変動に伴う低次生態系構造変化機構の解明
３系　魚種交替機構に関与する生理生態要因の解明
４系　魚種交替モデルの構築と資源管理への展開

　研究対象海域は、過去の研究により、海洋物理環境と魚種交替の相関関係が見られる黒潮続流周辺海域（黒潮続流域および黒潮域、混合域）とし、この海域に集中的に研究資源を投入する予定です。
　研究は、�@過去の物理生物データ・試料解析、�A遠隔観測機器による観測研究、�B複数調査船一斉調査を含む現場観測研究、�C魚類・プランクトン飼育実験による生物研究、�D課題毎の問題解決のための、物理、生物モデルによる研究、�E生態系モデル・魚種交替モデルによる各課題の成果の統合と魚種交替予測、�F社会科学的研究による魚種交替利用技術への提言、を行います。